cafuka @Wiki
http://w.atwiki.jp/cafuka/
cafuka @Wiki
ja
2008-08-20T23:14:01+09:00
1219241641
-
pickATLAS
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/16.html
<p align="left">部位を同定するのに使うソフト</p>
<p align="left">SPM上で動かす</p>
2008-08-20T23:14:01+09:00
1219241641
-
SPM5 特徴(SPM2と比べて)
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/15.html
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">インターフェイスが変わり。DCM解析のボタンが大きく主張している。</font></span></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">procedureが、保存できるようになり、毎回パラメタを入力する必要がなくなった。</font></span></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">ファイル形式はanalyze形式からniiへ変更。ただし、analyzeフォーマットでも解析可能</font></span></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">比較するとそれほど違いはないと思われ、詳細は自分でやってちょ</font></span></p>
<p align="left"><font size="4"> </font></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">pre-processingはrealignmentでファイル先頭に"r"がつかないようになる
意地でもつけたいならrealign&resliceをすれば幸せになると思うよ*。</font></span></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">realignmentはかなり細かくパラメタ設定できるようになりました。いえ、SPM2でもできたのかもしれません。調べてません。</font></span></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">Friston推奨方法でrealignすると一日仕事らしいですよ、奥さん!お聞きになりました(スペックはわからないけど、その人の環境だと40時間くらいで終わるみたいですょ)</font></span></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">そのほかは"swa"はご健在。安心したね。
ただし、SPM2でpre-processingしたswarはエラーがでる。</font></span></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">モデル作成はすんなりいくくせにestimateで「computingError running job:エラー: ==>
mtimes」 期待させやがってこの野郎。 あれです。spm99->spm2での悪夢再びです。</font></span></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">ご同輩方々、fristonは肝心なことがわかってませんぜ。
新しい解析方法、検定おおいに結構です。でもね、バージョンアップに伴い過去の解析ファイルをばっさり切り捨てる身にもなれと。
いえ、なってください。だれかFristonさんに進言したって。</font></span></p>
<p align="left"><font size="4"> </font></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">*ファイルにrはつかないものの、realignmentの図とmeanファイルができているので大丈夫だと思われ 詳細は自分で(ry
matlabの最新版を使えとあるが、実は6.5でも問題なく動く。なに?私だけか? 詳細は(ry</font></span></p>
<p align="left"><font size="4">win版safari/mac版safariともに編集機能が使えないばかりかIE様にも愛想尽かされて、文字化けしちまったページを再構築。</font></p>
<p align="left"><font size="4">しかし、恐ろしいのはgoogleで"spm5"で検索すると総本山の次に出てきたときは、放置してすみませんでした。 </font></p>
<p align="left"><font size="4"> </font></p>
<p align="left"><span class="Apple-style-span" style="word-spacing:0px;font:11px 'Lucida Grande';text-transform:none;color:rgb(0,0,0);text-indent:0px;letter-spacing:normal;border-collapse:separate;">
<font size="4">-未完-</font></span></p>
2008-08-20T23:09:25+09:00
1219241365
-
marsbarのインストール方法
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/12.html
<p>marsbarは関心領域(ROI)voxelの時系列変化を見るのによく使われるプラグインツールです。</p>
<p>
自分もmarsbarでできることとSPMのソフトだけでできることの境目がはっきりしませんが、任意の座標からの範囲を指定し、その部分の時系列変化をplotするのはmarsbarが適しているのではないでしょうか?</p>
<p>SPMでは指定されたクラスタ、ボクセルの時系列変化をみているような。。。</p>
<p> </p>
<p>
まず、SPMのリンクからmarsbarのファイル一式を落とします。このときファイルの圧縮形式が日本ではあまり一般的でないtar形式だったりしますので、それを解凍できるツールをインストしてください(<a class="l"
onmousedown="return
clk(this.href,'','','res','1','&sig2=zcQcCBjA0xtmVnjeS8hZJQ')" href=
"http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se169348.html"><font color=
"#0000CC">Lhaplus</font></a>)がおすすめ。</p>
<p> </p>
<p>できあがったフォルダを任意の場所に置き(たとえばSPMフォルダの中)、matlabからパスの設定をする。</p>
<p>SPMのインストールと同じ要領で。</p>
<p>matlabのコマンドから"marsbar"と入力しても、SPMのtoolboxのプルダウンメニューから呼び出しても同じ。</p>
<p> </p>
2007-10-09T22:30:25+09:00
1191936625
-
marsbarによるROI解析
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/11.html
<p> </p>
<p>-編集中-</p>
<p>SPMのプラグインでありSPM99、SPM2で動作する模様。</p>
<p> </p>
2007-10-09T22:18:54+09:00
1191935934
-
いつもありがとう、お世話になってますリンク。
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/10.html
<p>太「脳」洋航海記-脳機能画像分野の用語集-</p>
<p><a href=
"http://www.mumumu.org/~viking/blog-wp/?page_id=216&paged=1">http://www.mumumu.org/~viking/blog-wp/?page_id=216&paged=1</a></p>
2007-10-09T22:14:50+09:00
1191935690
-
Talairach daemonでマイナスを扱う
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/9.html
<p>Talairach daemon(<a href=
"http://ric.uthscsa.edu/projects/talairachdaemon.html">http://ric.uthscsa.edu/projects/talairachdaemon.html</a>)でマイナス座標を入力する際の対処法</p>
<p>1. 先に任意の数値を入力後、カーソルで先頭まで戻り、マイナスを入力。</p>
<p>2. 任意のテキストファイル(input.txtなど)に座標を書き込み(改行で別座標と認識)、そのファイルを読み込んで解析</p>
<p>そのまま打ち込むとマイナスが無視されるのは、おそらく【仕様】によるものかもしれないけれど、上記の方法で対応可能。</p>
<p>2の方法を扱うと一気に複数の座標を解析できる。</p>
2007-10-09T22:01:02+09:00
1191934862
-
link(私的覚書)
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/8.html
高磁場MRIってMRIのネックであった、空間分解能が格段によくなっている一方、信号の時間変化は変わらないから、時間分解能がよくなるわけではないのね。どっちも向上するのだと思ってた。メモメモ。
http://noudepon.com/464D5249/w464D5249
2005-12-12T10:18:18+09:00
1134350298
-
MNI Space utilityでの出力結果の読み解き
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/7.html
-未編集-
#paintbbs()
2005-12-09T11:22:42+09:00
1134094962
-
spm5が正式リリース
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/6.html
<div class="main_body">
<div><a href="http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm5/"><font color=
"#333333">http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/spm5/</font></a><br></div>
<br>
<div>spm5がでる。何やら新機能が追加されたよう。<br></div>
<br>
<div>
spm2での20人以上の解析がMATLABのバグ*により事実上「使えない」状態だったのでSPM5でそれが改善していると良し。<br>
*メモリの解放に問題があり4GBのメモリを積んでいても、十分にメモリーを確保できず、メモリー不足がでる。</div>
<div>
この状態はlinuxを使うと問題がないが、linuxはwindowsになれたものにとっては扱いにくい</div>
</div>
2005-12-08T12:03:22+09:00
1134011002
-
デフォルトのrenderファイルに内側を表示させる。
https://w.atwiki.jp/cafuka/pages/5.html
<p>
renderする際に従来のsigle_sabjectファイルからrender_spm96ファイルを選択するようにすると左右内側面を加えた8つのレンダリング画像が生成される。これにより内側面の賦活がわかる。</p>
2005-12-08T11:58:07+09:00
1134010687