Q. システムインストールしたら、動かなくなったアプリケーションがあるのですが。

A. できるだけ簡易インストールか、動的インストールをお使いください。システムインストールする必要があって、動作しないアプリケーションがある場合は、オリジナルのDLLを動作しないアプリケーションのフォルダに入れると動作する場合があります。USER32.dllをシステムインストールした時によく見られます。ハックシールドが入っているソフトの場合、kernel32をシステムインストールすると動作しないことがあります。

Q. 簡易インストールやEzKDレジストリを使ったら、動作しなくなったアプリケーションがあります。

A. EzKD レジストリにチェックを入れるとSafeDllSearchMode を無効にします。そのためカレントに 本来動作しないDLLが含まれているようなアプリケーションの場合、動作しなくなるケースがあります。
その場合は、不正なDLLを取り除いてやれば動作するようになります。