隠し武器：条件
| 武器名 | 条件 | 性能 |
| Race Gun (レースガン) | ゲームクリア | 跳弾が可能 |
| 1911 CUSTOM "Snake Match" |
パスワードでのみ入手が可能 | MGS3でネイキッドスネークが使用していたもの |
| Type 17 (17式拳銃) | HOUNDの称号を入手。、 またはパスワードでも入手が可能。 |
１０連発のマシンピストル タクティカルリロード不可と扱い辛い。 ビッグママ(EVA)が所持していたもの。 |
| Desert Eagle Long barrel | FOXの称号を入手、 またはパスワードでも入手が可能。 |
スコープのついたデザートイーグル。 メリルが所持。 |
| Thor 45-70 | FOXHOUNDの称号を入手、 またはパスワードでも入手が可能。 |
分類はハンドガンで単発銃だが、 威力と貫通力はスナイパーライフル並み。範囲も広い ACT3ラストでリキッドが使用。 |
| Patriot (パトリオット) | BIGBOSSの称号を入手、 またはパスワードでも入手が可能。 |
威力は標準的。反動は大きい。リロード不要。 見た目は3と同様。ザ・ボスとビッグボスが所持。 |
| Solar Gun (太陽銃・ナイト) |
カエル、BBの人形を全て集める。 （同じ周でなくてもおk） 達成した周のクリア後に入手 (全５種類) カエル：メリルと別れた場所 オクトパス：ベッドの上 レイヴン：屋上 ウルフ：２戦目の開始直後、スネークの背後 マンティス：１階細い通路の奥 |
チャージで威力が上がる非殺傷銃。銃声あり。 フルチャージだと一撃で気絶＋所持アイテム放出。 脱衣後のBB部隊とヴァンプに大ダメージを与える事が出来る。 日光の当たる場所で○ボタンを押すことで エネルギーのチャージが可能。 小島監督の作品「ボクらの太陽」からのゲスト武器。 |
隠しアイテム：条件
| アイテム名 | 条件 | 性能 |
| CAMERA | ACT1～4の各ブリーフィング中、Mk.Ⅱ操作で入手。 各Actで場所が違う。 |
おなじみスナップショットが撮れる。 今作では第３者視点でスネークの撮影も可能 (コントローラが二つ必要)。 |
| BATTERY | ACT1～4の各ブリーフィング中、Mk.Ⅱ操作で入手。 各Actで場所が違う。 |
ソリッド・アイ、Mk-II(Mk-III)の操作時間延長。 最大5。 ただし2周目以降、Mk-Ⅱ合流前までの セーブデータをロードしてメインメニューから入る ミッションブリーフィング中を探せば、入手できる。 その場合最大数は6。 |
| S.PLUG (スキャニングプラグ) |
MGOを10時間以上プレイするとドレビンショップに追加。 各ミッションの総プレイ時間であり、トレーニングは計算されない。 またはパスワードでも入手が可能。 |
装備してCQCで拘束中、△で使用すると敵の位置情報が確認できる。 注射器と異なり、△を押しっぱなしにしていないと効果がない。 「敵の位置情報が確認できる」とは、△で敵に刺したままの状態で、 拘束中の敵が光を出し始めたら、現在地点から一定範囲内にいる敵も同じように光るので、周囲を見回すことで敵の居場所がわかる、という意味。 |
| BANDANA (無限バンダナ) |
ノーキルクリア または2周目以降ドレビンショップで500万DPで買う |
漢字で「無限」の文字が刺繍されたバンダナ。 装備中は弾丸を消費しなくなる。 グレネードや地雷、雑誌なども個数が無限になる。 |
| STEALTH (ステルス迷彩) |
ノーアラートクリア または2周目以降ドレビンショップで500万DPで買う |
カムフラ率が100%になる。 ただし無人兵器には効果が無い。 アラート中&ボス戦時は95%。 |
隠しカムフラージュ：条件
| アイテム名 | 条件 | 性能 |
| CORPSE CAMO | コンティニュー回数51回以上でゲームクリア | アラート状態になっても、死んだふりすると 「敵の死亡を確認した」「やったぞ！」などと言われ、 アラート状態が解除される ヘイブントルーパーには通用しないが、 一般兵・月光・仔月光には通用する |
隠し服装：条件
| アイテム名 | 条件 | 性能 |
| SUIT | ゲームクリア | エンディングで着ていたスーツ 一般市民服と同じ効果。こちらはいつでも着られる。 カモフラージュ率はかなり低い。 |
| ALTAIR | ASSASSINの称号を入手、 またはパスワードでも入手が可能。 |
アサシンクリードの主人公アルタイルの服装 フェイスカムの同時使用は不可能 ACT1では中東民兵服と同じ効果。いつでも着られる。 ちなみに左手薬指を折り曲げているが、 これはアルタイルの薬指が切除されているのを再現しているため。 |
隠しフェイスカム：条件
| アイテム名 | 条件 | 性能 |
| L.BEAUTY | L･オクトパス2戦目(ビューティ形態)、スタミナキルで倒す | ACT.3 一般市民服と組み合わせることで、変装効果がある。 |
| R.BEAUTY | R･レイヴン2戦目、スタミナキルで倒す | 同上 |
| C.BEAUTY | C･ウルフ2戦目、スタミナキルで倒す | 同上 |
| S.BEAUTY | S･マンティス2戦目、スタミナキルで倒す | 同上 |
| CAMPBELL | ACT.1 ブリーフィング時、Mk.IIでキャンベルに接触 (FACECAMO入手後) |
変装効果あり |
| OTACON | ACT.1～4 ブリーフィング時、Mk.IIでオタコンに接触 (FACECAMO入手後) |
変装効果あり |
| RAIDEN A | ACT.1～4 ブリーフィング時、Mk.IIでサニーに接触 (FACECAMO入手後) |
なぜか変装効果ありw ソリッドアイ装備時のみ、目のパーツが光る 丁寧なことにムービー中も光っている ACT.1メリルとの無線時バイザーが起動する |
| RAIDEN B | ACT.3 ブリーフィング時、Mk.IIでナオミに接触 | こちらも変装効果あり |
| DREBIN | 武器を60種類入手し、現在のACTを終了する、 またはパスワードでも入手が可能 |
変装効果あり |
| BIG BOSS | BIG BOSSの称号を入手 | 近距離の正面から顔を見られると、見た兵士は叫んで気絶する。ヘイブントルーパーは混乱状態になるか、その場で気絶する。パスワードで手に入らない。 |
